Jednostka jest częścią Ośrodka Chirurgii. Współtworzy Klinikę Chirurgii Naczyniowej, Transplantologii i Chirurgii Wątroby.

W Klinicznym Oddziale Chirurgii Transplantacyjnej wykonujemy przeszczepy nerek i wątrób od dawców zmarłych, prowadzimy także kwalifikacje pacjentów do przeszczepu wątroby. W poradni transplantacyjnej pacjentom po przeszczepach zapewniamy opiekę ambulatoryjną. W oddziale prowadzony jest 24-godzinny dyżur koordynatora ds. transplantacji.